El estudio de los microorganismos y su clasificación son complejos dado su enorme número de especies y su heterogeneidad. Hay muchas clasificaciones, en este caso utilizaremos la que existe desde el punto de vista sanitario. Así, los microorganismos se dividen en:
- Deterioradores: alteran las características organolépticas del alimento. Ej: fermentadores
- Patógenos: causan enfermedades. Ej: E. coli
- Indicadores: sugieren malas prácticas sanitarias. Ej: S. aureus
- Iniciadores: controlan el comienzo de los procesos de fermentación. Ej: L. bulgaricus
- Indiferentes: flora normal del alimento. Ej: L. mesenteroides
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